鼓浪屿是由花岗岩低丘构成的小岛，岛上包含七座主要山体，分别为日光岩、鸡母山、英雄山、笔架山、浪洞山、升旗山和燕尾山，海岸带均有巨型球状花岗岩分布，较具代表性的有日光岩、鸡母石、面包石、复鼎岩、关刀石、驼背石、印斗石和鹿耳礁石等。

岛上峰坡多于平地，海岸线长6.3公里，为天然基岩港湾海岸和人工海岸，四周共八个突出岬角和九个相对完整的海湾相间分布，共有10余处礁石群。人工海岸分布于北部和西部，长约2.6公里。天然海岸丰富多样的海蚀地貌，使海积地形具有较高的旅游价值，海蚀地较为奇特的有鼓浪石、仙人脚印等；海积沙滩主要有覆鼎岩沙滩、大德记沙滩、港仔后沙滩、美华沙滩和西苑沙滩、田尾沙滩等，都是很好的海滨浴场。

鼓浪屿绿树成荫，鸟语花香。岛上的植物共140多科720余种，相对成片的植被主要分布在七座低丘及周边谷地，有些地段的植被已接近形成亚热带海洋性季风气候下的顶级群落，华侨亚热带植物引种园内，奇花异草琳琅满目。

鼓浪屿周边海域为厦门港主要部分，濒临中华白海豚保护区、文昌鱼保护区、大屿岛白鹭保护区，与火烧屿、宝珠屿、鸡屿、猴屿、青屿、浯屿等构成特色岛群，隔江相望的有金门岛、南太武、隆教火山口奇观等。